在整顿西川军务时，龙飞意外发现明教分坛中藏龙卧虎——常遇春正带领教众劫富济贫，徐达在演练排兵布阵，而朱元璋虽身着粗布短衣，眼中却藏着不世雄心。三人在明教中本因不满元廷暴政秘密串联，此刻见到龙飞以绝世武功和雄才大略横扫巴蜀，当即拜服。
“龙教主心怀苍生，我等愿效犬马之劳！”常遇春虎目含泪，他早年因元兵屠戮村落而投身明教，此刻终于寻到明主。徐达展开自制的江南地形图，朱元璋则指着长江防线侃侃而谈：“元军水师虽强，但沿江守备分散，若以火攻破其战船，再分兵奇袭......”
龙飞抚掌大笑，系统检测到天命之人后，竟额外奖励“帝王之术精要”。他当即将三人提拔为三军统领，又以诸葛连弩改良图纸打造千张强弩，配合明教圣火令阵法，组建出一支锐不可当的“天鹰军”。
大军东进时，长江防线的元军尚在饮酒作乐。常遇春率敢死队乘着涂满防火材料的快船，借着东南风首扑敌营。徐达指挥连弩手齐射火箭，朱元璋则带领伏兵截断元军退路。火龙映红江面，元军战船接连爆炸，哀嚎声中，明教水师如黑色蛟龙般踏浪而来。
拿下安庆后，龙飞采纳朱元璋“广积粮、缓称王”的建议，一边开仓赈济百姓，一边在占领区推行新政。他以混元无极功为根基，创出一套适合普通人修炼的强身功法，免费传授给百姓，民心迅速归附。
三个月内，大军势如破竹。鄱阳湖一战，龙飞亲自施展乾坤大挪移，逆转风向，将陈友谅的战船群困在火海之中。当明教大旗插上应天城头时，长江以南的元军据点己被尽数拔除。金陵百姓箪食壶浆迎接王师，街道上“驱逐鞑虏，恢复中华”的呼声震天动地。
系统提示音再次响起：“恭喜宿主光复江南半壁，奖励：传国玉玺下落线索、《武穆遗书》残卷！”龙飞抚摸着手中缴获的元军帅印，遥望北方：“大都，我来了。”而在他身后，常遇春、徐达、朱元璋等人目光坚定——一个新的时代，正在他们脚下徐徐展开。
然而，就在龙飞准备挥师北上首捣大都之时，内部却出现了微妙的变化。朱元璋暗中与部分将领频繁交流，似乎在谋划着什么。一日，龙飞正在营帐中研究传国玉玺下落线索，有密探来报，朱元璋竟私自扩充势力，还在占领区培养自己的亲信。龙飞眉头紧锁，他深知朱元璋野心勃勃，但此刻大敌当前，他决定先稳住局面。
与此同时，元廷得知龙飞大军即将北上，调集精锐部队在北方设下重重防线。常遇春和徐达积极筹备作战计划，而龙飞则日夜修炼《武穆遗书》残卷，提升自身的军事谋略。就在大军即将出发之际，朱元璋突然发难，联合几位将领要求龙飞给予更多权力，否则便按兵不动。龙飞看着眼前的局面，心中暗忖，一场内部的风波己悄然来袭，而北方的元廷又虎视眈眈，他该如何应对这内外交困的局面。
